Chống lẫn lộn: tránh trộn lẫn các loại phân lại với nhau, đánh dấu các loại phân để tránh nhầm lẫn
Chống ẩm: để phân nơi cao ráo, thoáng mát, không đặt trực tiếp trên nền đất hoặc nền xi măng (tốt nhất nên đặt trên giá gỗ cách mặt đất). Cách bảo quản phân bón là trong chum, vại sành hoặc bao nilong được buộc kín
Chống axit: Các loại phân có tính axit nên chọn các vật liệu sử dụng, bảo quản có tính chống axit hoặc phải rửa sạch sau khi sử dụng loại phân có tính này.
Chống nóng: một số loại phân gặp nóng sẽ xảy ra hiện tượng gây nổ nên không được để phân gần lửa, tránh ánh nắng trực tiếp của mặt trời nên bảo quản nơi thoáng mát.